Przed II wojną światową ulica, przy której znajdował się cmentarz, nosiła nazwę (niem.) Wonneberger Weg. Po II wojnie światowej zmieniono nazwę na ulicę Łostowicką, od której zaczęto nazywać cmentarz. Cmentarz został przekazany do użytku w 1979 roku.
11 listopada 1998 roku odsłonięto pomnik „Pietà Sybiraków”, zwany też „pomnikiem Matki Polki” lub „Pomnikiem Ofiar Golgoty Wschodu” (zob. Światowy Dzień Sybiraka). Usytuowany jest przy głównej alei cmentarza, w „Kwaterze Sybiraków”. Pomnik powstał dzięki staraniom Związku Sybiraków i Rodziny KatyńskiejCmentarze – Pomniki Historii (Pamięć o przeszłości cz. II).
W 2008 roku na cmentarzu powstała pierwsza na Pomorzu zbiorowa mogiła przeznaczona na pochówki dzieci nienarodzonych.
W latach 2021–2022Cmentarz na Łostowicach powiększył się o dwa hektary. Gdańsk będzie też rozbudowywał pozostałe nekropolie powiększono cmentarz o 1,8 ha od strony al. Armii Krajowej i ul. Cedrowej, co przyniosło ponad 2100 dodatkowych miejsc pochówkuCmentarz Łostowicki w Gdańsku zostanie powiększony o prawie dwa hektary (8 kwater)Kto rozbuduje Cmentarz Łostowicki w Gdańsku?