Wszystkie gałęzie Anthracotheriidae, poza tą, która wyewoluowała w kierunku Hippopotamidae, wyginęły bez zostawiania jakichkolwiek potomków.
Możemy prześledzić powierzchownie ewolucję przodków hipopotamów od eocenu i oligocenu (Anthracotherium i Elomeryx) po miocen (Merycopotamus i Libycosaurus). Merycopotamus, Libycosaurus i wszystkie Hippopotamidae można uznać za reprezentantów jednego kladu, przy czym Libycosaurus był bliżej spokrewniony z hipopotamami. Ich wspólny przodek mógł żyć w miocenie, około 20 milionów lat temu. Ostatni gatunek Anthracotheriidae wyginął podczas pliocenu.
Ewolucja hipopotamów wiąże się ściśle z rodziną Anthracotheriidae. Najstarszy znany hipopotam z rodzaju Kenyapotamus żył w Afryce 16-8 milionów lat temu. Hippopotamidae mogły wykształcić się w Afryce, a następnie rozprzestrzenić się równocześnie do Azji i Europy. Żaden hipopotam nigdy nie został odkryty w Amerykach. Od 7,5-1,8 miliona lat temu przodek hipopotamów, Archaeopotamus zamieszkiwał Afrykę i Bliski Wschód.