Później za wiedzą władz pojechała na kongres do Wiednia spora grupa słowackich Świadków Jehowy. W tym roku w Czechosłowacji było 9870 głosicieli. W 1989 roku uzyskano zgodę od służb bezpieczeństwa na wyjazd na międzynarodowe kongresy pod hasłem „Prawdziwa pobożność” do Polski ponad 10 000 czechosłowackich Świadków Jehowy.
Odzyskanie prawa do legalnej działalności thumb|240px|Jedna z Sal Królestwa (Kolárovo) thumb|240px|Sala Królestwa (Hurbanovo) 1 stycznia 1990 roku władze zezwoliły na wznowienie działalności. 24 marca 1993 roku Ministerstwo Kultury zarejestrowało Náboženská spoločnosť Jehovovi svedkovia v Slovenskej republike (Stowarzyszenie Religijne Świadków Jehowy na Słowacji). W tym samym roku na dwóch zgromadzeniach okręgowych pod hasłem „Pouczani przez Boga” zebrało się 13 215 osób, a 473 zostały ochrzczone.
16 kwietnia 2005 roku otwarto nowe Biuro Oddziału w Bratysławie. Przemówienie okolicznościowe wygłosił Theodore Jaracz z Ciała Kierowniczego. Obecnych było 448 delegatów z 21 krajów. Następnego dnia na stadionie sportowym odbyło się specjalne spotkanie. W 2006 roku miejscowi głosiciele byli gospodarzami specjalnego kongresu pod hasłem „Wyzwolenie jest blisko!” w Bratysławie, na który przybyło ponad 10 700 uczestników, w tym ponad 3600 delegatów z Czech, Węgier i Rumunii. W 2008 roku zanotowano liczbę 11 469 głosicieli, a na uroczystości Wieczerzy Pańskiej (Pamiątce) zebrały się 21 094 osoby.