Kiedy w 1938 Prezydium Komitetu Wykonawczego Międzynarodówki Komunistycznej podjęło uchwałę o rozwiązaniu KPP, Borejsza zaangażował się w zakładanie Klubów Demokratycznych.

Po wybuchu II wojny światowej w 1939 i kampanii wrześniowej przedostał się do Lwowa, wcielonego do ZSRR, gdzie był od listopada 1939 do lutego 1940 dyrektorem Ossolineum, a później redaktorem polskich podręczników szkolnych w Wydawnictwie Mniejszości Narodowych USRR. 19 listopada 1939 podpisał oświadczenie pisarzy polskich, witające przyłączenie Zachodniej Ukrainy do Ukrainy Radzieckiej. Był pomysłodawcą i inicjatorem lwowskich obchodów 85. rocznicy śmierci Adama Mickiewicza. 19 września 1940 został uroczyście przyjęty do Związku Radzieckich Pisarzy Ukrainy. Jak wynika zarówno ze wspomnień Wandy Wasilewskiej, jak i Aleksandra Wata, cieszył się w tym okresie pełnym zaufaniem władz radzieckich, choć w dokumentach radzieckich z tamtego okresu jego postawa jest oceniana raczej krytycznie. Pisze się o nim jako o Żydzie zabiegającym o sprawy polskie. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej w latach 1942–1943 walczył jako ochotnik w Armii Czerwonej. W 1943 został przeniesiony wbrew własnej woli do pracy w Moskwie, gdzie współorganizował Związek Patriotów Polskich. W jego ramach redagował tygodnik „Wolna Polska” (1943–1944).