W 1540 został mianowany arcybiskupem metropolitą w Salzburgu.

Wyraźne korzyści przyniosła mu znajomość prawa, kiedy to, nie bacząc na wprowadzone przez Albrechta IV zasady dziedziczenia, za odsprzedanie roszczeń do tronu zainkasował od braci około pół miliona guldenów, które następnie umiejętnie pomnażał. Wkrótce stał się jednym z najbardziej znaczących „przedsiębiorców” niemieckich. Zajmował się, na dużą skalę, handlem bydłem i zbożem, ponadto wydobywaniem metali szlachetnych oraz handlem monetami. Wbrew zakazom kościelnym uprawiał lichwę, pożyczając potrzebującym gotówki dostojnikom sumy przekraczające nawet 100 000 guldenów.

Mimo obrania kariery kościelnej nigdy nie przyjął święceń kapłańskich, nie ulegając naciskom cesarza, książąt Rzeszy, a nawet samego papieża. Wiodąc życie bardziej sybaryty niż mnicha, pozostawił po sobie co najmniej sześcioro dzieci z nieprawego łoża. Pogłębiający się stopniowo rozdźwięk między karierą duchowną a życiem osobistym doprowadził do podjęcia przez Ernesta decyzji o rezygnacji ze stanowisk kościelnych i zakupie Hrabstwa Kłodzkiego.