Po pokoju brzeskim wojska niemieckie okupowały zachodnie gubernie państwa rosyjskiego, otaczając zajęty przez Polaków Bobrujsk i żądając kapitulacji i rozbrojenia oddziałów polskich. W nocy z 21/22 maja 1918 Dowbor nie podjął propozycji walki przeciwko Niemcom przedstawionej przez Leopolda Lisa-Kulę oraz Przemysława Barthela de Weydenthal. Aresztowany przez nich na jedną noc w czasie nieudanej próby przejęcia władzy nad korpusem przez środowisko POW, zwolniony nad ranem. Organizatorom nieudanego przewrotu zarzucił „tchórzostwo oraz działania za cudze pieniądze” na rzecz obcych mocarstw – oskarżając o to Lisa-Kulę oraz Barthela de Weydenthal. Mimo dowodów bohaterstwa powyższych (śmierć na polu walki za sprawę polską), nigdy nie oczyścił ich z tego zarzutu.
Dowbor-Muśnicki nie uzyskawszy poparcia od Rady Regencyjnej, do której zwrócił się o pomoc i próbował podporządkować korpus, został zmuszony do złożenia broni. Wraz z innymi rozbrojonymi żołnierzami Korpusu przybył do okupowanego przez państwa centralne Królestwa Polskiego, zamieszkał w Staszowie.