thumb|200px|Modlitwa św. Franciszka przed Krzyżem w San Damiano – fresk Giotta Krzyż znajdował się pierwotnie w małym kościele św. Damiana pod Asyżem. Do świątyni tej przychodził na prywatne modlitwy Francesco Bernardone – przyszły św. Franciszek z Asyżu. W 1206 miał z niego przemówić do Biedaczyny sam Zbawiciel, nakazując: „Franciszku, idź i napraw mój Kościół!”. Wezwanie to zostało najpierw zrozumiane jako nakaz odbudowy rzeczywistych budowli kościelnych, m.in. kaplicy Porcjunkuli pod Asyżem. Stopniowo nawrócenie zapoczątkowało drogę pokuty i głoszenia Ewangelii. Tak narodzić się miał zakon franciszkański – zakon naśladowców Jezusa na sposób Franciszka.
W klasztorze przy kościele San Damiano mieszkały klaryski, które opiekowały się również ikoną krzyża. Przeniosły się one do nowego monasteru obok bazyliki św. Klary w 1257. Mniszki zabrały ze sobą oryginalną ikonę Krzyża z San Damiano. Znajduje się ona dzisiaj we wnętrzu bazyliki. Odwiedzający kaplicę San Damiano, miejsce cudu, który zadecydował o nawróceniu Poverella, mogą nad głównym ołtarzem zobaczyć kopię bizantyjskiej ikony krzyża.
Elementy ikony Na ikonie Krzyża z San Damiano odnaleźć można 33 postacie.