W czerwcu 1934 po zamachu na Bronisława Pierackiego, ministra spraw wewnętrznych RP, Jerzy Rutkowski wraz z innymi działaczami ONR (organizacji pierwotnie podejrzewanej przez policję o dokonanie zamachu) został aresztowany i osadzony w areszcie śledczym przy ulicy Daniłowiczowskiej w Warszawie.
Po uwolnieniu w 1935 odsunął się od działalności politycznej i po wygraniu rozpisanego przez zakon franciszkanów z Niepokalanowa konkursu na organizację pisma Mały Dziennik objął w nim funkcję redaktora technicznego. Redaktorem naczelnym Małego Dziennika i innych franciszkańskich wydawnictw był ojciec Marian Wójcik, a jednym z pracowników Maksymilian Kolbe, z którym Jerzy Rutkowski jako redaktor techniczny wydawnictw franciszkanów ściśle współpracował.
W 1937 podjął ponownie współpracę z Bolesławem Piaseckim i grupą Ruchu Narodowo-Radykalnego (ONR-Falanga). Należał do kierownictwa RNR, a w jego mieszkaniu odbywały się spotkania organizacyjne. W tym czasie, po śmierci marszałka Piłsudskiego, część obozu sanacyjnego na czele z Edwardem Rydzem-Śmigłym wobec trwającej walki w obozie piłsudczyków postanowiła poszerzyć bazę rządzenia poprzez odwołanie się do nastrojów nacjonalistycznych i środowisk młodzieżowych obozu narodowego. Promotorem tej koncepcji był płk Adam Koc, szef powołanego wówczas Obozu Zjednoczenia Narodowego (OZN).