Wybór Komisarz wybierany jest na sześcioletnią kadencję, bez prawa do reelekcji. Wyboru dokonuje Zgromadzenie Parlamentarne z listy trzech kandydatów przedłożonej mu przez Komitet Ministrów. Kandydaci – obywatele krajów należących do RE – zgłaszani są przez państwa członkowskie. Kryteria, jakie muszą spełniać, są następujące: „(…) muszą być wybitnymi osobowościami o wysokich kwalifikacjach moralnych, uznanym dorobku w dziedzinie praw człowieka, znanymi z przywiązania do wartości Rady Europy oraz posiadającymi osobisty autorytet niezbędny do skutecznego wypełniania misji Komisarza.”Art. 10 Rezolucji (99) 50 w sprawie Komisarza Praw Człowieka Rady Europy.
Od 1 kwietnia 2024 funkcję tę pełni Michael O'Flaherty - irlandzki prawnik zajmujący się prawami człowieka. Pełnił funkcję dyrektora Agencji Praw Podstawowych UE (2015–2023), członka Komitetu Praw Człowieka (2004–2012), głównego komisarza ds. praw człowieka w Irlandii Północnej (2011–2013) oraz na różnych stanowiskach w Biurze Wysokiego Komisarza ds.