Na wyburzonej gotyckiej świątyni postawiono nową – wczesnobarokową. Prace zakończono w 1633 r. Wówczas bryła kaplicy wznosiła się na kwadratowym planie, nakryta kopułą z malowidłami, przedstawiającymi Chwałę Bożą. Na ścianie zachodniej usytuowano nagrobek biskupa, a na wschodniej marmurowy ołtarz. Znajdujący się w retabulum, malowany na blasze obraz, ukazujący Jezusa Ukrzyżowanego i stojących obok Matkę Bożą, św. Jana Ewangelistę i św. Marię Magdalenę, flankowały dwie kolumny. Obiekt zamykała krata. Tego samego roku erygowano kapelanię, ufundowaną przez biskupa. Kolejne prace nad kaplicą przypadają na lata 1743 – 1746, kiedy to na zlecenie kardynała Jana Aleksandra Lipskiego dokonano przebudowy kaplicy w stylu późnego baroku, według projektu Franciszka Placidiego. Kardynał kazał zachować XVII-wieczny nagrobek biskupa Andrzeja. Wykonano jednak nowy ołtarz, nagrobek kardynała, dekorację ścian oraz portal i kratę do niego. Poszerzono również obiekt w kierunku zachodnim, a w kopule wykonano nowe freski. Obraz do ołtarza namalował Szymon Czechowicz.