W latach 1895–1896 studiował na Uniwersytecie Fryderyka Wilhelma w Berlinie, przez kolejne dwa semestry, kontynuował naukę w Instytucie Rolniczym Uniwersytetu w Halle (1896–1897). W kolejnym roku akademickim 1897/1898 studiował nauki polityczne na Wydziale Ekonomii Politycznej Uniwersytetu Ludwika i Maksymiliana w Monachium. W latach 1898–1899 Chłapowski pogłębiał wiedzę w Paryżu i ponownie w Berlinie. 21 listopada 1900 r. uzyskał stopień doktora ekonomii politycznej na uniwersytecie w Monachium. Jako student Chłapowski udzielał się w polskim niezależnym ruchu młodzieżowym. Po zakończeniu nauki powrócił do rodzinnego Bonikowa, gdzie zajął się prowadzeniem majątku, który z czasem należał do wybijających się w całej Wielkopolsce. Dodatkowo uległ on powiększeniu dzięki posagowi, jaki wniosła żona Helena. Chłapowski zaangażował się społecznie w Kościanie. W 1901 r. został prezesem Kółka Rolniczego, angażował Banku Parcelacyjnego i Towarzystwa Gostyńskiego, będącego filią Centralnego Towarzystwa Gospodarczego. Przyszłą karierę polityczną ułatwiła mu rozpoznawalność oraz opowiedzenie się po stronie tzw. „szlachty postępowej”. W czasie kampanii w 1903 r., kiedy to poparł reprezentantów nurtu politycznego wielkopolskiego ziemiaństwa w wyborach do Reichstagu i pruskiego parlamentu krajowego Landtagu.