Rooney karierę piłkarską rozpoczynał w szkółce Evertonu. W 2002 został włączony do pierwszej jedenastki. Pierwszy raz opinii publicznej pokazał się 19 października strzelając bramkę w meczu z Arsenalem na Goodison Park dającą jego zespołowi zwycięstwo 2:1, które zakończyło passę Arsenalu 30 meczów bez porażki. Zdobywając to trafienie stał się w tamtym czasie najmłodszym strzelcem gola w historii Premier League, miał wtedy 16 lat i 361 dni. Później jego rekord poprawił James Milner, a obecnie rekordzistą jest James Vaughan.
W reprezentacji Anglii Rooney zadebiutował 12 lutego 2003 roku w meczu przeciwko Australii mając 17 lat i 111 dni, co również w tamtym czasie było rekordem. Teraz najmłodszym reprezentantem Anglii w historii jest Theo Walcott, zawodnik Evertonu.
Rooney wystąpił na Euro 2004 w Portugalii. W tym turnieju zdobył 4 gole, po 2 strzelając Szwajcarii i Chorwacji. Te bramki zapewniły mu tytuł wicekróla strzelców imprezy, zaraz za Milanem Barošem.