W dalszych latach starał się powstrzymywać wzrost radykalnego skrzydła PNB. Pomimo tego w II poł. lat 30. nawiązał wraz z O. Mordrelem kontakty z nazistowską NSDAP. W 1938 r. francuskie władze wystąpiły przeciwko niemu z oskarżeniem, w związku z czym zbiegł na krótko do Belgii. Po powrocie do Francji został aresztowany i skazany 14 grudnia 1938 r. na karę 6 miesięcy więzienia za „atak na jedność narodu”. Wyszedł na wolność 25 lipca 1939 r., wyraziwszy żal za swoje czyny. Po wybuchu II wojny światowej PNB została zdelegalizowana. W tej sytuacji F. Debeauvais wraz z O. Mordrelem wyjechali przez Holandię do Niemiec. W Amsterdamie wydali proklamację do Bretończyków, aby nie wspierali Francji w wojnie z Niemcami. Pod koniec 1939 r. przybyli do Berlina, gdzie starali się znaleźć zwolenników idei niepodległości Bretanii po spodziewanej klęsce Francji. W styczniu 1940 r. napisali "list wojenny” do bojówkarzy bretońskich, nawołujący do działań terrorystycznych przeciwko władzy francuskiej. W kwietniu tego roku F. Debeauvais przedstawił pomysł przewiezienia okrętem podwodnym broni z Niemiec na wybrzeże bretońskie i reaktywowania zbrojnej organizacji PNB. Po konflikcie z O. Mordrelem zrezygnował jednak z niego. 7 maja francuski trybunał wojskowy w Rennes skazał zaocznie F. Debauvaisa i O. Mordrela na karę śmierci.