Odbudowę przeprowadzono w latach siedemdziesiątych XVII w. Z tego okresu pochodzi zachowana do dziś ambona oraz sklepienia. W 1697 został ufundowany obecny ołtarz. W 1843 powstały organy wykonane przez C.A. Buchholza z Berlina, zachowane do dziś. Na początku XX w. wykonano gruntowny remont kościoła.

Po drugiej wojnie światowej, 7 października 1945, kościół został pobłogosławiony przez księdza proboszcza Jana Wojtysiaka, stając się ponownie świątynią katolicką. Do 3 lipca 1976, kiedy to powołano parafię p.w. św. Jana Chrzciciela, kościół był świątynią proparafialną parafii pw. Świętego Krzyża.

Od 1992 siedziba Myśliborskiej Kapituły Kolegiackiej.

Na początku XXI w. wykonano renowację ołtarza (2001), naprawę zegarów wieżowych (2003) oraz iluminację kolegiaty (2004).