Organizacje niepodległościowe Franciszek Pększyc podczas pobytu we Lwowie należał do tajnych organizacji niepodległościowych, m.in. do Armii Polskiej, w której ukończył szkołę podoficerską i w czerwcu 1911 roku uzyskał nominację podoficerską. Jesienią tego roku zaciągnął się na rok do wojska austriackiego, gdzie został przydzielony do 30. pułku piechoty, tzw. „Lwowskich Dzieci”. Po odbyciu służby porzucił studia we Lwowie i przeniósł się do Krakowa (listopad 1912 roku), gdzie poświęcił się wyłącznie pracy wojskowej w II Polskiej Drużynie Strzeleckiej. Bardzo szybko awansował, na początku listopada został zastępowym w II PDS, 14 stycznia 1913 roku mianowany plutonowym, a dwa miesiące później podchorążym. Wkrótce objął dowództwo kompanii II PDS. Pracy w drużynie strzeleckiej poświęcał cały swój czas i energię. Od podwładnych wymagał bezwzględnej służbistości. Duża część przyszłych oficerów Legionów Polskich przeszła przez szkolenie Franciszka Pększyca.
Wiosną 1913 roku w celu podniesienia swoich umiejętności wojskowych próbował zaciągnąć się na ochotnika najpierw do wojska serbskiego, a później bułgarskiego. Jednak z powodu nadmiaru kandydatów nie został przyjęty.