Wkrótce, ze względu na nierentowność produkcji, firma rozpoczęła nielegalną produkcję paliwa. Kupowała komponenty paliw nieobjęte akcyzą, przetwarzała je, a następnie sprzedawała paliwo kontrahentom, bez opłacenia akcyzy. W tym samym czasie firma tworzyła fikcyjne faktury pomiędzy Em-Transem a siecią firm-słupów stworzonych przez wspólników Musialskiego, które miały potwierdzać sprzedaż przez Em-Trans komponentów paliwowych, a następnie zakup paliwa. Zarobione pieniądze prano m.in. korzystając z usług innych firm. Wśród nich znalazła się firma Krzysztofa Rutkowskiego, która od 2001 roku wykonywała usługi ochroniarskie oraz doradcze dla Em-Transu. Miała ona wystawić faktury za fikcyjne usługi na kwotę 2,5 mln złotych. Przygotowaniem umów między Rutkowskim a firmą Musialskiego zajmował się Sławomir D., radca prawny Em-Transu. O wypranie 73 mln złotych oskarżono Andrzeja Dolniaka, śląskiego adwokata związanego z Samoobroną. Obaj podczas procesu nie przyznali się do winy.