Po wybuchu II wojny światowej uciekła do Lwowa. Po ataku III Rzeszy na ZSRR pozostała we Lwowie, gdzie ukrywała się na aryjskich papierach jej bliskiej przyjaciółki Marii Susułowskiej. Dostała je od jej męża Włodzimierza Reczka. Autentyczna Maria Susułowska przeżyła wojnę w Rzymie. Maria Einhorn do końca wojny przebywała we Lwowie, gdzie prowadziła stołówkę uczestnicząc czynnie w działalności podziemnej polskiego ruchu oporu. Z całej jej rodziny przeżyli jedynie dwaj bracia: przyrodni, który w latach 20. XX wieku wyemigrował do Stanów Zjednoczonych, oraz rodzony, który przez ZSRR zdołał przedostać się do armii amerykańskiej, gdzie jako prawnik służył do końca wojny.
Po zakończeniu wojny przeprowadziła się do Krakowa, gdzie od 1 października 1945 roku objęła etat asystenta w Katedrze Pedagogiki Uniwersytetu Jagiellońskiego. W drugiej połowie lat 50. nawiązała bliską współpracę z Kliniką Psychiatryczną Akademii Medycznej w Krakowie. Była wówczas jedynym zatrudnionym w klinice psychologiem. Bliskie kontakty z kliniką pozwoliły na otwarcie przy Zakładzie Psychologii Klinicznej Poradni Wychowawczo-Leczniczej. W roku 1959 otrzymała stopień kandydata nauk psychologicznych, w 1960 roku przyznano jej tytuł docenta. Habilitowała się na mocy uchwały z 11 października 1960 na Uniwersytecie Jagiellońskim na podstawie pracy pt.