Prezydent 2000-2003 28 listopada 1999 w Gwinei Bissau odbyły się kolejne wybory prezydenckie po tym, jak w maju 1999 prezydent Vieira został usunięty ze stanowiska w wyniku zamachu wojskowego. W pierwszej turze głosowania Ialá zwyciężył z wynikiem 38,8% głosów, pokonując kandydata PAIGC, Malama Bacai Sanhę (23,4%). W drugiej turze głosowania, 16 stycznia 2000 łatwo pokonał rywala, zdobywając 72% głosów. Następnego dnia został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta„GUINEA-BISSAU: Yala sworn in as president”, IRIN, 17 lutego 2000.. W maju 2000 zrezygnował z funkcji przewodniczącego partii PRS, zachowując w niej swe wpływy.
Rządy prezydenta Iali charakteryzowały się ciągłą polityczną niestabilnością i licznymi zmianami w rządach. Między 2001 a 2003 zdymisjonowanych zostało 4 premierów. MFW z powodu złej kondycji finansowej kraju zawiesił swoją pomoc. W 2001 prezydent Ialá nie ratyfikował projektu nowej konstytucji, domagając się zwiększenia w niej uprawnień głowy państwa„GUINEA-BISSAU: Focus on continuing instability”, IRIN, 16 listopada 2001.. W listopadzie 2002 rozwiązał parlament, zapowiadając przeprowadzenie nowych wyborów w lutym 2003„GUINEA-BISSAU: New Prime Minister named”, IRIN, 18 listopada 2002.„GUINEA-BISSAU: Elections set for February”, IRIN, 26 listopada 2002..