Po usunięciu ze stanowiska prezydenta João Bernardo Vieirę w maju 1999 w wyniku zamachu stanu, jako przewodniczący parlamentu 14 maja 1999 objął stanowisko tymczasowego prezydenta kraju. Wziął udział w wyborach prezydenckich w listopadzie 1999 jako kandydat PAIGC. W pierwszej turze wyborów 28 listopada 1999 zajął drugie miejsce z wynikiem 23,4% głosów. W drugiej turze wyborów 16 stycznia 2000 przegrał z Kumbą Ialą, uzyskując tylko 28% głosów. 17 lutego 2000 Iala został nowym prezydentem Gwinei Bissau.
Po raz drugi wziął udział wyborach prezydenckich w czerwcu 2005, zorganizowanych po zamachu wojskowym z września 2003. W pierwszej turze głosowania 19 czerwca 2005 odniósł zwycięstwo, zdobywając 35,5% głosów i pokonał João Bernardo Vieirę (28,9%). W drugiej turze wyborów 24 lipca 2005 zajął jednakże drugie miejsce z wynikiem 47,65% głosów. Vieira, który zdobył 52,35% głosów, otrzymał wówczas poparcie od trzeciego z kandydatów, Kumby Iali.
W lipcu 2008 wziął udział w wyborach na przewodniczącego PAIGC. Na kongresie partii zdobył 355 głosów poparcia i przegrał z Carlosem Gomesem Júniorem, którego poparło 578 delegatów.