Z powodzeniem ubiegała się o poselską reelekcję w wyborach w 1989, 1992, 1997, 2002 i 2007.

Przez pierwsze kilkanaście lat kariery poselskiej pozostawała mniej znanym politykiem. W 1995 Bertie Ahern, nowy lider partii i nowy lider opozycji, powołał swój gabinet cieni, w którym była odpowiedzialna za reformę edukacji. Gdy FF doszła w 1997 do władzy, Mary Coughlan nie weszła w skład rządu. W lutym 2001 objęła pierwsze ministerialne stanowisko, zostając sekretarzem stanu do spraw Gaeltachtu.

6 czerwca 2002, po kolejnych wyborach parlamentarnych, objęła urząd ministra do spraw społecznych i rodziny. 29 września 2004, po zmianach w gabinecie premiera Bertiego Aherna, została ministrem rolnictwa, rybołówstwa i żywności. W trakcie jej urzędowania, w 2005 i w 2006 zamknięte zostały dwie (ostatnie istniejące) państwowe fabryki cukru, co spowodowało protesty pracowników i rolników w raju. W czasie pełnienia tej funkcji zmagała się także z epidemią ptasiej grypy (2006) oraz epidemią pryszczycy (2007). P14 czerwca 2007, po wyborach do Dáil Éireann, została ponownie mianowana na zajmowane dotychczas stanowisko.