Przyroda parku Naturalnymi zbiorowiskami leśnymi Szumawy są żyzne i kwaśne buczyny górskie oraz bory świerkowe. Do tego doliczają się torfowiska wysokie, gołoborza, zespoły nadwodne oraz zbiorowiska antropogeniczne, jak łąki górskie. Cechą charakterystyczną jest występowanie jezior polodowcowych powstałych w wyniku działalności niewielkich lodowców w plejstocenie. Na terenie parku spotkać można liczne gatunki zwierząt rzadko spotykane na terenie Czech, takie jak ryś euroazjatycki, wilk szary, cietrzew, sokół wędrowny czy bocian czarny.
Strefy ochronne Park narodowy wyróżnia obecnie cztery strefy ochronne: strefa przyrody (zóna přírodní), będąca obszarem ochrony ścisłej pozbawionej jakiejkolwiek działalności ludzkiej o charakterze mającym cechy naturalne. Obejmuje ona 27,7% terytorium parku, czyli 189,5 km²; strefa zbliżona do naturalnej (zóna přírodě blízká), znajdująca się na obszarach przekształconych przez człowieka, które mają stopniowo wrócić do stanu naturalnego.