Występowanie na Ziemi Jest 9. pierwiastkiem pod względem rozpowszechnienia w skorupie ziemskiej, stanowiąc 0,88% jej masy. W stanie wolnym spotykany jest w niektórych gazach wulkanicznych (do ok. 30% v/v) i jako składnik gazu ziemnego (od ilości śladowych do 40% v/v). Jego niewielkie ilości można spotkać w niektórych skałach, minerałach i meteorytach. W powietrzu występuje w stężeniu do 0,5 ppm w górnych warstwach atmosfery (jego zawartość rośnie wraz z wysokością, gdyż powstaje w wyniku fotolizy wody).
W postaci związanej jest spotykany powszechnie na całej Ziemi, jako składnik wody i materii organicznej, zarówno żywej, jak i martwej, np. w złożach paliw kopalnych (gaz ziemny, ropa naftowa, węgle kopalne).
Historia i etymologia mały|Antoine Lavoisier mały|Aparat Lavoisiera do badania flogistonu (ilustracja pochodzi z Traité élémentaire de chimie) mały|Jędrzej Śniadecki Pierwsze obserwacje wodoru przypisuje się szwajcarskiemu alchemikowi Paracelsusowi. Wykonywał on eksperymenty polegające na wrzucaniu metali do kwasów i zbieraniu do naczyń gazowych produktów tych reakcji. W swoim dziele Archidoxa odnotował on, że powietrze powstałe w wyniku połączenia żelaza i rozcieńczonego kwasu solnego „unosi się i wybucha jak wiatr” ().