Nowa dyrektorka, która kierowała szkołą do 1939, wprowadziła restrykcyjne zasady wychowawcze oraz karnośćEdward Zając, Prywatne Gimnazjum Żeńskie im. Emilii Plater w Sanoku, Szkolnictwo podstawowe i średnie, Pomiędzy wojnami światowymi 1918–1939, w: Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 520.. Do tego czasu szkoła, po reformie jędrzejewiczowskiej, funkcjonowała jako „Prywatne Liceum i Gimnazjum Ogólnokształcące Żeńskie im. Emilii Plater w Sanoku”. W roku szkolnym 1938/1939 gimnazjum i liceum posiadały uprawnienia państwowych gimnazjów ogólnokształcących i liceów ogólnokształcących.
Podczas II wojny światowej w budynku szkoły mieścił się niemiecki szpital polowy. W tym czasie nauczyciele zaangażowali się w tajne nauczanie, które w Sanoku organizowane było głównie przez Zofię Skołozdro i Jadwigę Zaleską). Po zakończeniu działań wojennych budynek był zdewastowany. W 1944 zostało zniesione szkolnictwo prywatne, na krótko połączone sanockie gimnazja żeńskie i męskie – do 31 stycznia 1946 funkcjonowało Koedukacyjne Gimnazjum i Liceum im. Królowej Zofii, powstałe z połączenia dawnego gimnazjum żeńskiego przy ulicy Adama Mickiewicza i gimnazjum męskiego przy ul. Jana III Sobieskiego 5. Od 1946 do 1949 wśród maturzystów prócz dziewcząt byli także chłopcy.