Wyższa Szkoła Rolnicza przekształcona została w Akademię Rolniczo-Techniczną, w której strukturze Instytut Biologii Stosowanej funkcjonował do 1978 roku.
Natomiast 19 czerwca 1969 roku powstała kolejna szkoła wyżasza w Olsztynie - Wyższa Szkoła Nauczycielska, na której powołany został Wydział Matematyczno-Przyrodniczy. 20 sierpnia 1974 r. uczelnia ta została przemianowana na Wyższą Szkołę Pedagogiczną, a na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym w 1977 r. powołano Instytut Biologii i Ochrony Środowiska, w którym kształcono głównie biologów o specjalności nauczycielskiej.
1 października 1995 roku w Akademii Rolniczo-Technicznej został uruchomiony międzywydziałowy kierunek Biotechnologia. Czas pokazał, że w środowisku istniała potrzeba powstania Wydziału Biologii z pełnymi uprawnieniami akademickimi o szerokim profilu dydaktyczno-naukowym.