Po 1945 ponownie utraciła sakralny charakter. 24 sierpnia 1956 wpisana została do rejestru zabytków. W latach 60. XX wieku mieściły się w niej magazyny pobliskiego teatru. Później działała tu także Mała Scena Bałtyckiego Teatru Dramatycznego, a także wystawiano w niej prace uczniów koszalińskiego Liceum Plastycznego. Prowadzone były wówczas prace utrzymaniowe budynku, jego obecny wygląd jest efektem remontu z 1988.
Budowla po raz kolejny odzyskała jednak funkcję sakralną w 1999, kiedy to została własnością parafii ewangelicko-augsburskiej w Koszalinie. 7 maja 2000 kaplica awansowała do rangi kościoła i została poświęcona przez ks. biskupa Jana Szarka.
W kaplicy została ochrzczona matka biskup Margot Käßmann, byłej zwierzchniczki Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła Krajowego Hanoweru, największej wspólnoty wchodzącej w skład Kościoła Ewangelickiego w Niemczech.