Później jednak wyspy nazywano Las Encantadas (pol. „Zaczarowane Wyspy”). Z nazwą związana jest historia kapitana Diego de RivadeneiryKricher posługuje się pisownią „Deigo de Rivadeneira”., uciekającego w połowie XVI w. z Peru, którego statek został zniesiony przez prądy w kierunku Galapagos. Prądy morskie były tak silne, że uniemożliwiały dopłynięcie do brzegu wysp, a żeglarzom zdawało się, że to wyspy przesuwają się po morzu – stąd miały być „zaczarowane”.

Pierwszą mapę nawigacyjną wysp sporządził w 1684 roku bukanier Ambrose Cowley, a poszczególnym wyspom nadał angielskie nazwy pochodzące od nazwisk brytyjskich rodów szlacheckich.

Po przyłączeniu wysp do Ekwadoru w 1832 roku archipelag nazwano „Archipiélago de Ecuador”. W 1892 roku w 400. rocznicę odkrycia Ameryki przez Krzysztofa Kolumba wyspy otrzymały swoją oficjalną – jednak rzadko używaną – nazwę „Archipiélago de Colón”.