Technologia wytwarzania mikromacierzy Mikromacierze wytwarza się nanosząc na płytkę gotowe sondy lub syntetyzując je in situ. Pierwszą metodą produkuje się mikromacierze cDNA i można ją stosować do mikromacierzy oligonukleotydowych. Sondy przygotowuje się np. metodą PCR. Druga metoda służy wytwarzaniu mikromacierzy składających się z krótkich oligonukleotydów.
Analiza danych Dane z mikromacierzy trzeba poddać wstępnej obróbce. Składają się na nią: Analiza zeskanowanego obrazu – obliczenie intensywności sygnału dla każdej sondy Odjęcie sygnału tła Normalizacja danych – modyfikacja wartości ekspresji w celu dostosowania do całości eksperymentu lub do zamierzonego rozkładu, niezbędna dla porównywania intensywności między macierzami Podsumowanie danych – w macierzach oligo – podsumowanie wartości dla grup sond (ang. probeset). Może być wykonywane dla każdej grupy sond osobno (np. metoda MAS5) lub za pomocą globalnego modelu dla całego doświadczenia (np. metody RMA, plier)
Problemy z analizą danych z mikromacierzy polegają na ogromnej liczbie sond i badanych genów (zazwyczaj ok. 10–30 tysięcy transkryptów, macierze eksonowe w 2006 r. zawierają 6 milionów sond).