Wybory prezydenckie 2011 i 2016 W 2010 rozpoczęła przygotowania do startu w wyborach prezydenckich w kwietniu 2011. W czasie kampanii wyborczej broniła polityki swego ojca, skazanego w 2009 na 25 lat pozbawienia wolności za łamanie praw człowieka, zabójstwa opozycjonistów i korupcję. Podkreślała jego zaangażowanie w walkę z bojownikami ze Świetlistego Szlaku oraz uchronienie kraju przed hiperinflacją i kryzysem gospodarczym. Opowiadała się za polityką wolnego rynku oraz prezentowała twarde stanowisko w walce z przestępczością. Jednocześnie deklarowała pomoc socjalną dla najuboższych oraz zwiększenie inwestycji w najbiedniejszych częściach kraju. Według jej przeciwników politycznych i części komentatorów, jednym z jej powodów startu miało być ułaskawienie ojca.
W pierwszej turze wyborów 4 kwietnia 2011 zajęła drugie miejsce z wynikiem 23,6% głosów poparcia, przegrywając z Ollantą Humalą (31,7%). Pokonała natomiast byłego premiera Pedra Pabla Kuczynskiego (18,5%) oraz byłego prezydenta Alejandra Toledo (15,6%). W drugiej turze wyborów 5 czerwca 2011 przegrała z Ollantą Humalą.
Keiko Fujimori wygrała pierwszą turę wyborów prezydenckich w kwietniu 2016, otrzymując blisko 40 proc. głosów, jej kontrkandydat Pedro Pablo Kuczynski o ok. 20 proc. mniej.