Nazwa Wągrowiec jest miastem o średniowiecznej metryce, które powstało na układającej się równoleżnikowo wyspie, otoczonej ramionami rzek Wełny i Nielby. Wyspa ta, utworzona w wyniku procesów akumulacyjnych rzeki, ma w przybliżeniu 0,6 km2 i wznosi się do ok. 84,1 m n.p.m. W centralnej jej części wytyczono pierwotny rynek i zbudowano kościół mieszczański (fara), natomiast teren na zachód od rozwijającego się miasta przeznaczono na potrzeby nowej siedziby opactwa cystersów.
Nazwa miasta ma pochodzenie topograficzne i bezpośrednio wiąże się z terenem, na którym powstał klasztor i miasto. Według poglądu E. Calliera jej etymologia jest związana ze staropolskim słowem "wągroda"Edmund Callier, Kronika żałobna utraconej w granicach W. X. Poznańskiego ziemi polskiej. Powiat Wągrowiecki, Poznań 1894, s. 239., odnoszącym się do obszaru zagrodzonego, np. łąki, pastwiska, wspólnego placu wiejskiego. W literaturze występują też inne propozycje etymologii nazwy, m. in. od wągrów (owadów kąsających zwierzęta) lub węgorzy.