W styczniu 1816 r. dokonano reformy administracyjnej Wolnego Miasta dzieląc je na 9 gmin miejskich (w obrębie miasta Krakowa) i 17 gmin wiejskich (I Kościelniki, II Mogiła, III Modlnica, IV Babice, V Rybna, VI Czernichów, VII Liszki, VIII Zwierzyniec, IX Bobrek, X Jaworzno, XI Kościelec, XII Młoszowa, XIII Poręba Żegoty, XIV Lipowiec, XV Krzeszowice, XVI Pisary, XVII Chrzanów). W 1839 roku (na podst. rozporządzenia Senatu WMK z 7.XII.1838 r.) dokonano kolejnej reformy podziału administracyjnego, zastępując dotychczasowe gminy powołanymi w ich miejsce większymi jednostkami, dystryktami, w których wójtów zastąpili komisarze dystryktowi. Utworzono 10 dystryktów: Alwernia, Balice, Chrzanów, Czernichów, Kraków, Jaworzno, Liszki, Krzeszowice, Mogiła i Trzebinia.
Najmożniejszym rodem Wolnego Miasta byli Potoccy z Krzeszowic, właściciele 11 wsi. Większość możnych rodów mieszkała jednak w Krakowie, ze względu na możliwość posyłania dzieci do szkół i aktywnego uczestniczenia w życiu politycznym miasta-państwa.
Ustrój, konstytucja