Głównymi zadaniami AWO miało być werbowanie i szkolenie szpiegów oraz rezydentów wywiadu. W czasie pokoju AWO zbierał informacje o siłach zbrojnych przeciwnika w potencjalnym konflikcie, o dowódcach wojskowych oraz związkach operacyjnych i taktycznych państw NATO, a także wojskowych ośrodkach naukowo-badawczych, zakładach przemysłowych itp.Filip Musiał, Józef Oleksy i zagadka AWO, 29 czerwca 2007 Dziennik Polski. Prowadził także pracę werbunkową, dzięki której w krajach zachodnich miała zostać utworzona sieć agenturalna. Podczas wojny AWO miał zająć się agenturalną pracą na tyłach przeciwnika. Mieli też zostać przeszkoleni rezydenci, którzy na wypadek wojny mieli zostać przerzuceni na tyły wroga i tam nadzorować siatkę agentów wywiadu.
Pod koniec lat 70 XX w. i początku 80 XX wieku Oddział XIII Zarządu II SG WP (Agenturalny Wywiad Operacyjny) podlegał Zastępcy Szefa Zarządu II SG WP ds. Operacyjnych.
W latach 1983–1984 Zarząd II SG WP przeszedł wielką reorganizację. AWO został podporządkowany Agenturalnemu Wywiadowi Strategicznemu a ten podlegał pod tzw. Aparat Krajowy Zarządu II Sztabu Generalnego Wojska Polskiego.