Dzięki dotacji celowej rządu prof. dr hab. Jerzego Buzka w 2001 r. odbył się konkurs o stypendia, w którym to zakwalifikowano kilkunastu doktorantów z Polski, ponad osiemdziesięcioro z Ukrainy i kilkoro z innych państw byłego bloku wschodniego.
Pierwsza uroczysta inauguracja roku akademickiego w EKPUiU odbyła się jesienią 2001 r. w obecności prezydentów Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego i Ukrainy Leonida Kuczmy. Przyjęci wówczas pierwsi słuchacze EKPiUU stali się jednocześnie doktorantami jednej z pięciu publicznych uczelni Lublina (Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, Akademii Rolniczej, Politechniki Lubelskiej lub Akademii Medycznej).
W maju 2004 r. Konwent EKPiUU na posiedzeniu w Kijowie podjął decyzję, że w przyszłości badania naukowe prowadzone w ramach stypendium EKPiUU skupiać się będą na szeroko rozumianej problematyce Europy Środkowo-Wschodniej w zakresie ekonomii, prawa, historii, językoznawstwa, literaturoznawstwa, kulturoznawstwa, filozofii, socjologii, politologii, stosunków międzynarodowych, pedagogiki i psychologii.