Bez sądu skazano go na 25 lat łagrów.
Już uwięziony odmawiał współpracy ze służbą bezpieczeństwa, za którą obiecywano wyjście na wolność. Najpierw przewieziono go do łagru w Karagandzie, na terenie dzisiejszego Kazachstanu. Pracował w tartaku. Mieszkał w baraku z 20 innymi więźniami. Oprócz niego było tam jeszcze 3 księży z Łotwy. Jeden z nich nauczył go odprawiania mszy w obozowych warunkach. Miał też miniaturkę obrazu Jezusa Miłosiernego – wizerunku objawionego św. Faustynie Kowalskiej. W paczkach otrzymywał małe hostie – ukryte w cukrze, albo mące. Jak pewnego razu odkryli to strażnicy, ksiądz im powiedział, że to ciasteczka – i oni uwierzyli. Msze odprawiał o świcie, albo w nocy przy stoliku.
Po śmierci Stalina zmniejszono mu wyrok do 10 lat. Przewieziono go do łagru – kopalni węgla w Workucie. Tam pracował na budowie i w łaźni. Więźniom dawano symboliczną zapłatę za ich pracę, można było wychodzić do miasta, do kina, na terenie obozu był sklep. Zezwalano na odwiedziny bliskich. W tym okresie odwiedziła go siostra. W 1956 zwolniono go z obozu i 23 sierpnia 1956 wrócił do Wilna. Tutaj przenoszono go z miejsca na miejsce – był proboszczem w 15 różnych parafiach. Najdłużej, bo 15 lat, był proboszczem w parafii św. Piotra i Pawła w Wilnie.