W 1960 został powołany na stanowisko Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków. Przez dwanaście lat sprawowania tej funkcji był obrońcą pomorskich zabytków. Przeciwstawiał się naciskom ówczesnych władz państwowych i partyjnych dążących do rozbiórki lub wstrzymujących odbudowę zabytków, zwłaszcza sakralnych.

Jego wysiłkom zawdzięcza się ocalenie m.in. kościoła św. Jakuba w Szczecinie oraz kościoła Mariackiego w Chojnie. Inne obiekty, w których odbudowę Stefan Kwilecki był zaangażowany, to m.in.: Ratusz Staromiejski w Szczecinie, budowle Kamienia Pomorskiego (pałac biskupi, ratusz, kościół św. Mikołaja, Brama Wolińska), i Stargardu (odwach, Dom Kletzinów, Brama Pyrzycka oraz Brama Wałowa), zamek w Płotach, mury miejskie w Chojnie, Choszcznie i Pyrzycach.

W 1972 został zmuszony do złożenia rezygnacji ze sprawowanej funkcji. Przez pewien czas pracował ponownie w Przedsiębiorstwie Państwowym Pracownie Konserwacji Zabytków (przebywając m.in. na kilkumiesięcznym kontrakcie we Francji), a następnie, w latach 1975–1990, był zatrudniony na Politechnice Szczecińskiej (Wydział Budownictwa i Architektury) w charakterze pracownika naukowo-dydaktycznego.

Był członkiem Stowarzyszenia Konserwatorów Zabytków oraz Polskiego Komitetu Narodowego ICOMOS.