Gościa powitał pod kaplicą proboszcz ks. Władysław Marcin Faron z licznie zgromadzonymi wiernymi. 11 września 1926 na sesji Rady Miasta został zgłoszony nagły wniosek Klubu Radnych PPS dotyczący przyznania Kościołowi polskokatolickiemu placu na cmentarz.
W latach 30. XX wieku nastąpił kryzys w funkcjonowaniu parafii, przyczynił się do tego ks. Władysław Marcin Faron. Najpierw jako proboszcz i dziekan, potem biskup zwołał samowolnie synod, który uczynił go arcybiskupem. Zaczęła się walka pomiędzy zwolennikami Kościoła Narodowego, a zwolennikami ks. Farona. W walce tej parafia pomniejszyła liczbę wiernych w sposób tragiczny. W okresie II wojny światowej Niemcy zamienili świątynię na magazyn zbożowy, utrudniając w ten sposób jej funkcjonowanie.
10 maja 1976 na zlecenie Jego Ekscelencji ks. Biskupa Naczelnego Tadeusza Ryszarda Majewskiego, probostwo parafii zamojskiej objął ks. Zbigniew Krekora. W 1993 budynek otrzymał nową elewację. Wewnątrz świątyni znajduje się piękna polichromia przedstawiająca sceny biblijne oraz historię Kościoła.