Jej sprawa przeszła przez wszystkie instancje sądownictwa pruskiego, aż do króla Fryderyka Wilhelma III Pruskiego, który ostatecznie wyrok zatwierdził. Przez cały okres trwania procesu oskarżona przebywała w areszcie. W tym czasie była przez dozorców więziennych wykorzystywana do świadczenia nierządu obywatelom Reszla. W więzieniu urodziła dwoje dzieci, z których to urodzone jesienią 1809 zmarło. 21 sierpnia 1811 Zdunk została spalona na ostatnim w Europie stosie. Według niektórych przekazów, Zdunk została uduszona przez kata jeszcze przed podłożeniem ognia, aby oszczędzić jej cierpień. Uduszono ją jednak dyskretnie by nie psuć widowiska zgromadzonym gapiom.
Według ówczesnego pruskiego kodeksu karnego, czarnoksięstwo nie było karalne. Karalne było natomiast podpalenie, a to właśnie za nie skazano Barbarę Zdunk.