W najprostszej postaci, żetony w sieci Petriego są nierozróżnialne między sobą. Bardziej złożone postacie sieci Petriego korzystają z pojęć kolorowania żetonów, czasu aktywacji przejść oraz hierarchii. Poza nimi istnieje wiele innych różnych rozszerzeń Sieci Petriego, takich jak sieci obiektowe (z żetonami, które mogą być Sieciami Petriego), z ograniczonymi pojemnościami miejsc, łukami wzbraniającymi i inne.
Aktywacja i odpalenie przejścia Przejście może być aktywne lub nie. Przejście aktywne to takie, którego wszystkie krawędzie wejściowe połączone są z miejscami mającymi żetony w takiej liczbie, że jest ona większa lub równa wadze odpowiednich krawędzi. Tylko przejście aktywne może być odpalone.
Odpalenie przejścia to zabranie z wszystkich miejsc wejściowych tylu żetonów, ile wynika z wag krawędzi łączących miejsca z przejściem. Następnie na miejscach wyjściowych połączonych z przejściem pojawiają się żetony. Liczba żetonów "wchodzących" i "wychodzących" z przejścia nie musi być taka sama. W jednym ruchu można odpalić tylko jedno przejście.
Praktyka stosowania i alternatywy W praktyce można przyjąć, że miejsca z leżącymi w nich żetonami to chwilowe stany układu.