Jest wprawdzie kwestią dyskusyjną, czy manichejczyków należy uznać za odłam chrześcijaństwa czy raczej za wyznawców innej religii, faktem jednak jest, że i oni żyli w Armenii, a jeszcze do VI wieku najważniejsze pisma manichejskie tłumaczone były na ormiańskiBrosset Marie-Félicité,Collection d'historiens arméniens, Petersburg, 1876. W pierwszej połowie V wieku poważnym zagrożeniem dla zwolenników ortodoksji byli messalianieTer-Mkrttschian Karapet, Die Paulikianer im byzantischen Kaiserreiche und verwandte ketzerische Erscheinungen in Armenien, Kessinger, 2010 i tajemniczy borboryci.

Sytuacja kościoła ormiańskiego w drugiej połowie V wieku szczególnie sprzyjała rozwojowi różnego rodzaju sekt i grup heretyckichRunciman Steven, Manicheizm Średniowieczny, Książnica, 2007. Najwyższe funkcje w kościele takie jak biskupstwa i katolikat były dziedziczne, przechodziły z wuja na siostrzeńca, co powodowało, że obejmowali je często ludzie, którzy trybem życia daleko odbiegali od wzoru dobrego pasterza. Prowadziło to także często do traktowania dóbr kościelnych jako własności rodziny i dla duchowieństwa ważniejsze od posługi stało się pomnażanie majątku. Do tego dochodziły rozległe układy z władzą świecką, często niezbyt wyrozumiałą wobec poddanych.