W godzinach rannych 13 września, w czasie bitwy nad Bzurą, dowodzony przez niego pododdział zluzował III/144 pp (rez.) i 67 batalion saperów na wschodnim brzegu Bzury, na przedmościu Sochaczewa (obrona Sochaczewa). Rano następnego dnia z niewiadomych przyczyn wycofał się z miasta. Zawrócony przez płk dypl. Tadeusza Parafińskiego, około godz. 10.00 natarł z marszu na miasto i odrzucił nieprzyjaciela, który w międzyczasie obsadził Sochaczew. W godzinach popołudniowych został wyparty z zajmowanych stanowisk, lecz po wprowadzeniu do walki odwodów odzyskał je na powrót. W trakcie ciężkich walk o miasto, trwających 2,5 doby, jego batalion stracił 80% stanu osobowego. Zginął rankiem 15 września trafiony serią pocisków z karabinu maszynowego, podczas wycofywania się z miasta, na przeprawie pontonowej przez BzuręInny przebieg walk o Sochaczew podał Marian Porwit, w oparciu o relację kpt. Antoniego Sygnarek, dowódcy 5 kompanii.. Pochowany razem ze swoimi żołnierzami na Cmentarzu św. Wawrzyńca w Sochaczewie. mały|320x320px|Grób mjr Feliksa Kozubowskiego w Sochaczewie W 2019 r. szczątki majora Kozubowskiego oraz dwóch nieznanych żołnierzy Wojska Polskiego zostały ekshumowane na zlecenie Biura Upamiętniania Walk i Męczeństwa IPN. Uroczysty pogrzeb odbył się 6 września 2019 roku.