wreszcie Francja zajęła część enklaw państwa papieskiego, Awinion i Venaissin. Klemens XIII szukał rozwiązania w zwołaniu narady kardynałów, zmarł jednak na dzień przed zebraniem konsystorza. Zakon jezuitów został skasowany przez jego następcę, Klemensa XIV.
Papież Klemens XIII zaniepokojony popieraniem przez Rosję konfederacji: radomskiej, słuckiej i toruńskiej i zagrożeniem praw Kościoła katolickiego w Rzeczypospolitej Obojga Narodów powołał w połowie 1767 roku Kongregację do Spraw PolskichWojciech Kęder, Kryzys wokół sprawy dysydenckiej a sprawa suwerenności Rzeczypospolitej w latach 1764-1767, w: Rzeczpospolita wielu wyznań, Kraków 2004, s. 371-372..
Obok problemu zakonu jezuitów papież zmagał się z rozwijającym się w Niemczech ruchem febronianizmu, którego przywódcy domagali się ograniczenia władzy papieskiej. Klemens XIII występował przeciwko niektórym prądom oświeceniowym, umieszczając m.in. dzieła Rousseau na indeksie ksiąg zakazanych. Wydał także specjalną encyklikę (1766), w której potępił wszystkie publikacje sprzeczne z doktryną katolicką. Nakazał zamalowanie fragmentów dzieł sztuki przedstawiających nagość w kaplicy Sykstyńskiej.