W latach 2001–2004 trenerem klubu był Anglik Ian Crook. W sezonach 2001/2002 oraz 2002/2003 klub uplasował się odpowiednio na 2. i 4. miejscu w sezonie zasadniczym i uzyskał awans do serii finałowej rozgrywek NSL. W sezonie 2001/2002 klub zakończył zmagania na etapie półfinału. W półfinale Newcastle United uległo drużynie Sydney Olympic Sharks w stosunku 0:1. Natomiast w sezonie 2002/2003 klub zakończył zmagania na ostatnim 6. miejscu w grupie mistrzowskiej. W dziewięciu rozegranych spotkaniach Newcastle United zdobył 7 punktów i nie wywalczył awansu do Grand Final.
Sezon 2003/2004 był ostatnim w którym funkcjonowała liga National Soccer League. W 2003 roku został opublikowany Report of the Independent Soccer Review Committee, który stwierdzał niegospodarność rozgrywek, a jednocześnie wytyczył podstawy dla funkcjonowania nowych rozgrywek – A-League. Klub Newcastle United zakończył zmagania w sezonie zasadniczym na 11. miejscu z dorobkiem 24 punktów i nie awansował do serii finałowej rozgrywek NSL.