Po jego zamordowaniu 25 lipca 1934 roku Seyss-Inquart został radcą stanu w rządzie Kurta von Schuschnigga.
Anschluss 12 lutego 1938 Adolf Hitler wysunął pod adresem Austrii serię żądań znoszących właściwie jej suwerenność, wśród nich znajdowało się również żądanie mianowania Seyss-Inquarta ministrem spraw wewnętrznych (). Kanclerz Schuschnigg spełnił jedynie część żądań Hitlera, a jednocześnie ogłosił przeprowadzenie plebiscytu w sprawie przyłączenia Austrii do Niemiec. Spotkało się to z szybką reakcją Hitlera; 11 marca 1938 roku armia niemiecka została postawiona w stan gotowości i otrzymała rozkaz przekroczenia granicy z Austrią, a Schuschnigg razem z rządem podał się do dymisji. Tego samego dnia w nocy prezydent Austrii Wilhelm Miklas mianował Seyss-Inquarta kanclerzem, a już rankiem 12 marca wojska niemieckie wkroczyły do Wiednia. Dzień później Seyss-Inquart, któremu prezydent Wilhelm Miklas przekazał swoje obowiązki – podpisał ustawę o Anschlussie, czyli przyłączeniu Austrii do Niemiec w postaci landu Rzeszy Niemieckiej„Gazeta Kościerska” 15 marca 1938, s. 3.. Od 15 marca 1938 do 5 maja 1939 pełnił funkcję namiestnika Rzeszy w tak zwanej Marchii Wschodniej (Ostmark), jak nazwano Austrię, ówczesną część Niemiec.