Pomimo długotrwałego oblężenia podczas potopu w 1656 r., także wojskom szwedzkim nie udało się zdobyć miasta.
Spowodowane wojnami straty gospodarcze oraz upodobanie do oszczędności ordynata Konstantego pogorszyły sytuację Akademii Zamojskiej, a zaniedbania obniżyły poziom kształcenia (1663 rok).
Pod koniec stulecia Zamość zamieszkiwało nieco ponad 2000 osób.
XVIII wiek thumb|250px|Dawna Akademia Zamojska Podczas wielkiej wojny północnej Zamość został zajęty przez wojska szwedzkie (1704), a wkrótce także przez wojska saskie (1715–1716).
Z zamojskiej społeczności ubywało handlujących ze wschodem Ormian. Likwidacji uległa ich gmina, a próba reaktywacji jej działalności nie przyniosła skutków.
W 1720 r. odbył się tu Synod zamojski (w kościele św. Mikołaja i ówczesnej kolegiacie), podczas którego przypieczętowano zjednoczenie kościoła katolickiego z cerkwią unicką (greckokatolicką).
W połowie stulecia przeprowadzono reformę Akademii Zamojskiej (wykładał na niej m.in. Stanisław Staszic). Dla Austriaków, którzy zajęli miasto w wyniku I rozbioru (1772) wzrost poziomu kształcenia był jednym z argumentów za likwidacją uczelni co nastąpiło w roku 1784.