2006 W styczniu 2006 miały miało miejsce szereg starć między rebeliantami a siłami rządowymi DRK. Po wyborach prezydenckich i parlamentarnych 30 lipca 2006 wywołał bunt części oddziałów, jednak ostatecznie zgodził się na zawarcie porozumienia i włączenie swoich wojsk w struktury armii rządowej. Orzekł również, że będzie respektować wyniki wyborów. Dalsze walki miały miejsce w sierpniu 2006 wokół miasta Sake. Do 25 listopada z miasta uciekło ponad 12 tys. cywilów. Statystyki pokazują, że w 2004 roku w mieście mieszkało 17 151 ludzi dsrp-rdc.org.. Większość cywilów uciekło do Ugandy.
30 grudnia 2006 powołał organizację Narodowy Kongres na rzecz Obrony Ludu (CNDP), która zrzeszała zbuntowanych żołnierzy i ochotników do walki z rządem. W 2007 pod dowództwem Nkundy było 8–8,5 tys. milicjantów. Oficjalnym celem organizacji była obrona kongijskich Tutsich przed atakami bojówek Hutu.
2007 Na początku 2007 rząd próbował zintegrować swoje wojska z rebeliantami Tutsi. Nkunda jednak po raz kolejny zbuntował się wobec rządu. Rebelianci w 2007 roku prowadzili walki partyzanckie.