Jednak po zmianie ustroju Polski, w Zamościu większość zakładów poupadało (m.in. Fabryka Domów, zakłady mięsne, zakład odzieżowy „Delia”), a nadal istniejące nie odgrywają już znaczącej roli w życiu gospodarczym miasta. Od tego czasu powstały z kolei inne, mniejsze firmy, jednak nieposiadające większej roli dla gospodarki (są to głównie małe i średnie przedsiębiorstwa o wąskiej specjalizacji). Stąd też władze miasta czynią starania, aby poprawić tę sytuację, m.in. poprzez utworzenie Zamojskiej Specjalnej Podstrefy EkonomicznejStrona Miasta Zamość.
Przemysł 200px|thumb|right|Zamojskie Zakłady Zbożowe Tereny przemysłowe zajmują fragmenty we wschodniej (Os. J. Kilińskiego) i w mniejszym stopniu w zachodniej części (ul. Szczebrzeska) miasta. W Zamościu funkcjonuje tylko kilka większych obiektów przemysłowych, przede wszystkim zakłady przemysłu przetwórczego, głównie spożywczego, na co wpływa wspomniana przewaga rolnictwa na Zamojszczyźnie. Miasto stanowi jednocześnie ośrodek obsługi dla rolnictwa i jest miejscem skupu różnych produktów rolnych.