Dzięki architekturze klient-serwer, niezależnej od platformy sprzętowej i systemowej, możliwe jest uruchamianie zdalne aplikacji działających w systemie operacyjnym zupełnie innym niż ten, na którym działa program X-serwera (odpowiadającego za wejście-wyjście, czyli przesyłanie zdarzeń użytkownika, czyli naciśnięć klawiszy czy ruchów myszą, oraz za wyświetlanie wyników pracy programów na ekranie). W ten sposób można było, na przykład, pracować zdalnie uruchamiając aplikacje na serwerze z procesorem RISC i systemem UNIX siedząc przy komputerze PC pracującym w systemie DOS lub Windows.
Twórcy protokołu X przewidzieli możliwość jego rozszerzenia o nowe funkcje. Na przykład na potrzeby biblioteki OpenGL powstało rozszerzenie GLX.
Historia X Window System został stworzony w czerwcu 1984 roku w laboratoriach Massachusetts Institute of Technology (MIT) przez Boba Scheiflera. W 1988 powołano MIT X Consortium, a w 1992 postanowiono przenieść konsorcjum poza MIT, tworząc oddzielną i niezależną organizację. W 1993 roku utworzono X Consortium, finansowane przez jego członków. 1 stycznia 1994 roku wszystkie prawa do X Window System zostały przekazane X Consortium, Inc. Na początku 1996 roku w wyniku połączenia Open Software Foundation (OSF) i X/Open powstała The Open Group. X Consortium, Inc.