30 listopada 1948 zgromadzenie radnych pozostających w starej siedzibie, zdominowane przez członków SED, wybrało nowy zarząd miejski, na którego czele stanął Friedrich Ebert młodszy, który objął stanowisko nadburmistrza Berlina wschodniegoGazety wojenne, 114 – Berlin roku 1948, P.O. Polska, Warszawa 1998, s. 2267, ..
5 grudnia 1948 władze radzieckie nie dopuściły do wyborów miejskich na terenie swojego sektora. Natomiast w tym samym czasie w sektorach zachodnich SPD odniosła zwycięstwo, a Ernst Reuter objął stanowisko nadburmistrza Berlina Zachodniego. Od tego czasu Berlin faktycznie został podzielony na dwa niezależne miasta. Od 13 sierpnia 1961 do 9 listopada 1989 wschodnia część miasta była oddzielona od zachodniej Murem Berlińskim.
Berlin wschodni został 7 października 1949 ogłoszony stolicą NRD, pomimo iż de iure pozostawał terytorium odrębnym od tego państwa, toteż państwa bloku zachodniego nie uznały tej decyzji, a w 1970 r. jego odrębność prawna od NRD została wręcz potwierdzona zgodnie przez wszystkie cztery mocarstwa okupacyjne. 3 października 1990 RFN, NRD oraz wszystkie sektory okupacyjne Berlina zjednoczyły się.