Walki jednak trwały dalej i zostały przerwane dopiero w 1644.
Wkrótce potem Mołdawię objęły swym zasięgiem plany króla polskiego Władysława IV zorganizowania wielkiej wyprawy przeciwko Turcji. W 1645 córka Bazylego Maria poślubiła hetmana Janusza Radziwiłła, wkrótce potem zawarto kilka porozumień, obejmujących także Wołoszczyznę i Siedmiogród. Plany zniweczyła jednak odmowa sejmu polskiego i wybuch w 1648 powstania kozackiego pod wodzą Bohdana Chmielnickiego.
Powstanie, które rozgrywało się tuż za granicą mołdawską, nie oszczędziło i kraju Bazylego Lupu. Początkowo Bazyli był mu niechętny, gdy jednak Kozacy i Tatarzy najechali w 1650 Mołdawię i zajęli Jassy, musiał wejść z nimi w porozumienie. Nadal utrzymywał jednak kontakty z Polską, a w 1651 wsparł polskie siły w bitwie pod Beresteczkiem. Po klęsce Polaków pod Batohem w 1652 został zmuszony do ściślejszej współpracy z Kozakami, córka Bazylego Ruxanda (Roksana) została wówczas wydana za syna Bogdana Chmielnickiego, Tymofieja.