W 1997 stanęła na czele wewnątrzpartyjnego przewrotu wymierzonego w premiera, którego uważała za polityka zbyt ostrożnego i powolnego w swych działaniach. Korzystając z nieobecności Bolgera w kraju (był wówczas na szczycie Wspólnoty Narodów w Edynburgu zdołała przekonać do siebie większość działaczy Partii Narodowej. Widząc swoją słabość, Bolger po powrocie sam podał się do dymisji, a 8 grudnia 1997 Shipley oficjalnie została pierwszą w dziejach nowozelandzką panią premier. Rozpoczęła tym samym trwający aż do listopada 2008, blisko jedenastoletni okres nieprzerwanego sprawowania tego urzędu przez kobiety.
W czasie jej urzędowania doszło do ostrego spięcia między narodowcami a ich mniejszym partnerem koalicyjnym, partią New Zealand First, zakończonego wycofaniem się tej ostatniej z rządu. Poparła także pomysł zastąpienia dotychczasowej flagi nową, pozbawioną Union Jacka. Wielu odebrało to jako przejaw nastrojów prorepublikańskich i zamiaru zerwania unii personalnej z Wielką Brytanią.