W rewizji systematyki archozaurów przeprowadzonej przez Nesbitta, Gracilisuchus jest bazalnym przedstawicielem Suchia, znajdującym się w politomii z kladami Revueltosaurus + Aetosauria, Ticinosuchus + Paracrocodylomorpha i rodzajem Turfanosuchus. Pozycja gracilizucha u podstawy drzewa filogenetycznego Suchia jest istotna dla ustalenia pokrewieństwa wewnątrz krokodylej linii archozaurów. W 2011 roku Lecuona i Desojo opisały osteologię okazu PVL 4597, obejmującego obręcz miedniczną i kości kończyn tylnych. Autorki zidentyfikowały dwie potencjalne synapomorfie gracilizucha i krokodylomorfów z grupy Sphenosuchia: budowa i kiepskie wykształcenie czwartego krętarza oraz słabe wykształcenie przedniej głowy kości udowej. Inne cechy, takie jak brak nieperforowanej panewki stawu biodrowego, przemawiają jednak za jego bardziej bazalną pozycją, choć i tak bliższą krokodylomorfom niż w analizie Nesbitta. Autorki stwierdzają jednak, że dokładne ustalenie pozycji filogenetycznej gracilizucha wymaga dalszych badań. Z analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Butlera